1966年，“文化大革命”开始。学校正常的教学秩序被打乱，全国统编教材被看作是“封、资、修”的东西加以批判。1967年11月16日，兰州军区批准兰州大学附属中学成立革命委员会。委员会由张昭坤、李世忠、孙廷彬、张恒烈、刘小平、吴荣伟、冼玲玲、刘胜、段守经、冯亚光、张行军等十一人组成。由张照坤任主任，李世忠（军方代表）、孙廷彬任副主任。军区要求附中革委会紧跟毛主席的伟大战略部署，以“斗私、批修”为纲，坚决贯彻执行中共中央、国务院、中央军委、中央文革关于按照系统实行革命大联合的通知，从政治上、思想上、组织上不断巩固和发展革命的大联合，进一步搞好本单位的斗批改。大力突出无产阶级政治、活学活用毛主席著作，复课闹革命，坚持在一切工作中用毛泽东思想挂帅，把兰州大学附属中学办成毛泽东思想的大学校。
兰大附中革委会成立文件
学生戴“红卫兵”袖标在三十三中革命委员会门前合影
1968年秋，为了解决中学生毕业无学可上、无工可做的尴尬局面，国家开始动员1966、1967、1968年毕业的城镇户籍的初高中毕业生到农村当农民，参加农业劳动，农村户口的毕业生全部回家乡劳动。11月25日，兰州市首批老三届高初中生被分配到农村插队。兰州大学附中有300多人到会宁偏僻山区落户，12月20日毛主席在会宁县革委会关于安置这批学生的报告上批示：“知识青年到农村去，接受贫下中农的再教育，很有必要。要说服城里的干部，把自己高中、初中的子女送到乡下去。”于是，一场全国性知识青年上山下乡运动迅速掀起。此后到1978年改革开放前，全国十几届近2000万知青上山下乡，接受“贫下中农再教育”。
1969年兰大附中学生上山下乡参加劳动
“文化大革命”爆发后，工宣队接管了学校。兰大附中革命委员会成立后，划给了市属中型企业兰州动力机械厂，改名叫兰州动力机械厂卫东中学，学校与兰州大学脱离了关系。
甘肃省革命委员会政治部文件
甘革政（69）14号
关于兰州动力机械厂接办兰大附中的批示兰州动力机械厂革命委员会、驻兰大附中工人毛泽东思想宣传队、兰大附中革命委员会：
省革命委员会政治部同意你们一九六九年三月三日关于兰州动力机械厂接办兰大附中的报告。对新的领导班子增补的成员报省革委会政治部组织组审批。
接办后，动力机械厂应尽快派出工宣队，认真搞好接替工作，用毛泽东思想统一认识，统一政策，统一计划，统一指挥，统一行动，实行一元化的领导。
厂办校后，要更高地举起毛泽东思想伟大红旗，用毛泽东思想统帅一切，走政治建校的道路，继续深入地开展活学活用毛泽东思想的群众运动，把广大师生毛泽东思想的觉悟、两条路线斗争和阶级斗争的觉悟提高到一个新高度，促进师生思想军事化。继续深入持久地开展革命大批判，狠批叛徒、内奸、工贼刘少奇的反革命修正主义教育路线，批臭反动的资产阶级“多中心论”，全面贯彻落实毛主席的教育革命思想，认真搞好斗批改，把工作抓深、抓紧、抓扎实，把无产阶级教育革命进行到底。省革命委员会政治部
一九六九年三月五日
兰州动力机械厂接管附中后，卫东中学革命委员会由王玉奎任主任，王贵子、薛崇辉、张照坤任副主任。卫东中学革委会最初归甘肃省革命委员会管理，后为了便于对学校实行一元化的领导管理，经甘肃省革命委员会政治部、生产指挥部研究决定，将学校下放归兰州市革命委员会管理。
1969年春，为了“适应阶级斗争的需要”，兰州市公安局军管会和兰州中学红代会（前身是长征团）决定城关区各中学成立红卫兵中的红卫兵——红卫连，实行准军事化管理，配合公安干警维护社会治安，打击“阶级敌人”的破坏活动，搞好清理阶级队伍工作和一打三反运动。既是红卫兵中的红卫兵，那么参加的人必须先得是红卫兵，必须根红苗正表现好，这样红卫连集中了当时学校中的大部分班排干部和革干、革军子女以及部分工农子女。学校更名为兰州动力机械厂卫东中学后虽然与兰州大学脱离了关系，但仍有很多兰大子弟，兰州动力机械厂卫东中学的红卫连便成了兰州市很有名气的几个学校红卫连之一。
工宣队进校后，各校都由工宣队主抓红卫连，我校红卫连由刚从部队复员到兰动厂的冯光武负责。在冯光武的指导下，学校红卫连给人留下了军容整齐、训练有素、纪律严明、战斗力强的印象。每次兰州市有重大活动如庆祝大会、判刑大会，维持秩序的总少不了兰州动力机械厂卫东中学红卫连。
但是，随着“革命无罪造反有理”口号的传播，学校的红卫兵揪斗老师的现象时有发生，有些红卫兵甚至走上街头破四旧，砸庙宇，毁古物，对社会造成了严重的破坏。
