1966年，“文化大革命”开始。学校正常的教学秩序被打乱，全国统编教材被看作是“封、资、修”的东西加以批判。1967年11月16日，兰州军区批准兰州大学附属中学成立革命委员会。军区要求附中革委会紧跟毛主席的伟大战略部署，大力突出无产阶级政治、活学活用毛主席著作，复课闹革命，坚持在一切工作中用毛泽东思想挂帅，把兰州大学附属中学办成毛泽东思想的大学校。

这次会议要求各省、市、自治区要建立中国科学院分院。会后，不管条件是否成熟，各地纷纷建立分院及所属研究机构。在这一事件的影响下，各地的中科院分院陆续建立了中国科学技术大学分校。兰州市第三中学也因此经历了校名为“中国科学技术大学兰州分校附属中学”的短暂时期。校史资料的文书印章和毕业学生合影的照片上，留下了此次校名更易的痕迹。

要想追溯校史起源，无非两种情况，要么追溯校名的渊源，要么追溯现校址的渊源。在这一点上，兰大附中与西北师大附中都选择了追溯校名渊源。兰州大学前身是兰州中山大学，那么最早的兰州中山大学附属中学成立于何时呢？1928年。因此，从“兰大附中”校名上追溯校史起源，1928年是最恰当的，尽管当时的校址的确不在现校址处。西北师大附中多次强调“兰大附中再未复校”，将现兰大附中与历史上的兰大附中关系撇清，这种逻辑，放到自己学校，也难以说清其校史起源的准确性。